מוטיב השושן מופיע רבות באמנות היהודית עוד מהתקופה הפרסית (אולי לפני כן בכותרות הפרוטו-איאוליות) ועד חורבן בית שני, מאז הואנעלם ומופיע שוב עם הצלבנים.
ממצא הקבורה מהתקופות הפרסית וההלניסטית הקדומה מועט ביותר, נראה שמסורת הקבורה מימי המקרא נמשכת כרגיל, פשוטי העם נקברים בקברי שוחה והעשירים נקברים במערות קבורה, על דרגשים, עם בור איסוף מרכזי לעצמות.
מסוף המאה ה-2 לפנה"ס מופיעה באזור ירושלים מסורת הקבורה בכוכים, מבחינת תפרוסת הקברים בירושלים, ישנה טבעת קברים צפופה, אשר מקיפה את ירושלים באורך 3-4 ק"מ, בטבעת קברים זו נמצאו, עד עתה, למעלה מ-1000 מערכות קבורה עם אלפי נקברים. לא מדובר בבית קברות, אלא בקבורה בזיקה משפחתית, פריסת הקברים הרחבה מצביעה על בעלות משפחתית על חלקות קבורה. ע"פ ההלכה היהודית אסור לקבור מתים בתוך העיר, למרות שבתחומי החומה השלישית של ירושלים "נלכדו" מערכות קבורה עתיקות בתחומי העיר המתרחבת. מסורות של התוספתא אומרות שאין מלינין את המתים בתוך תחומי ירושלים, מלבד בית דוד וחולדה הנביאה, למרות שכתבי התוספתא מהמאה ה-3 שנויים בחלוקת. מערכות הקבורה הרבות שהתגלו אינן מייצגות חתך אוכלוסייה נרחב, אלא רק קומץ מצומצם של עמידים שיכלו להרשות לעצמם מערכות קבורה, רב האוכלוסייה נקברה בקברי פיר ושוחה. מה גם שבמהלך 200 השנים בין התקופה החשמונאית לחורבן ירושלים חיו בעיר מאות אלפי בני אדם, כך שמציאתם של כמה אלפי נקברים אינה מייצגת את גודל האוכלוסייה בירושלים. מבחינת העיטור, חלקן של מערות הקבורה מעוטרות בכבדות במוטיבים הלניסטיים-רומיים מובהקים, בקברים יש אפריזים וגמלונים, אך העיטור נעדר אמנות פיגורטיבית כלשהי. מצפון לעיר העתיקה, באזור התחנה המרכזית של מזרח ירושלים התגלתה מערכת קבורה מפוארת מאוד מורכבת ומסועפת, במאה ה-19 החוקרים חשבו שמדובר בקברי בית דוד, אך חוקר צרפתי זיהה את הקברים כקברי אצילי בית חגי המגויירים ממסופוטאמיה. יוספוס מתאר את המבנה כבעל 3 פירמידות. חלק מהמערות נסגרות בגולל, חלקן נסגרות בדלתות אבן, אשר מסתובבות על צירי אבן וחלק מהקברים נסתמים ב"פקקי" אבן וטיט. במקביל לחדירת קברי הכוכים אנו מוצאים לעיתים בורות ליקוט, שאליהם אוספים את עצמות הנקברים בכוכים. ישנה גם קבורה בכוכים דו-קומתיים, דבר אשר חוסך המון מקום קבורה.
גלוסקמאות– תופעה שהייתה מוכרת עוד בכלכולית, אך נעלמה וחזרה רק בסוף המאה ה-1 לפנה"ס. באותה תקופה החלו תושבי ירושלים ללקט את עצמות מתיהם לתוך תיבה. השם הוא יווני (GLOSKOMEON). כל הגלוסקמאות נמצאו במערות, על שליש מהן מופיעה כתובת, כמעט כל הגלוסקמאות עשויות מאבן גיר רכה. הגלוסקמא היא קופסא קטנה, בערך 20*40 ס"מ ועד 40 ס"מ גובה. מבחינת העיטור, באופן גורף אין אמנות דמות, רב המוטיבים באים מעולם הצומח ובהם ניכר השימוש במחוגה, ישנם גם המון עיטורים ארכיטקטוניים מעניינים, חלק מהעיטורים הארכיטקטוניים משקפים את סגנון הקבר עצמו, או את חזיתו של בית הנפטר, רב המוטיבים הארכיטקטוניים מציגים פתח (או מס' פתחים) עם חלונות, או גומחות. ע"ג חלק מהגלוסקמאות ניתן לראות מונומנטים פיראמידליים בדומה לקבר זכריה, מוטיבים שונים מציגים עצים, עמודים איוניים וכו'… מבחינת הפרשנות חוקרים פרנציסקנים זיהוו את המוטיבים עם הנצרות הקדומה, חוקרים אחרים ניסו לנתח כל גדם כסמל מיסטי כזה או אחר, אך נראה שמדובר בראייה פשוטה של האמן בזיקה לבתי קברות וקל לבצע במחוגה, כלומר אין הרבה משמעות דתית במוטיבים האמנותיים.הקבורה המשנית בגלוסקמאות נעשתה לאחר זמן, כשנה בערך לאחר התכלות הבשר, השלד קופל כמו מזוודה ונאסף לתוך התיבה. לא פעם גלוסקמאות שנמצאו בחפירה מסודרת הציגו שלדים לא שלמים, האם הליקוט לא היה יסודי? אולי!! תופעה שהחלה להתגלות לאחרונה מציגה יותר משלד אחד בגלוסקמא אחת, באחת מהן אף נמצאו שרידים של 5 שלדים שונים!!.
מהיכן הופיעה תופעת הגלוסקמאות? פה ישנה בעייה מכיוון שרב המקורות מאוחרים מאוד לתופעה ואינם מדוייקים. חיבור אחד נקרא מסכת שמחות(אבל), שאינה חיבור מהמשנה, אולי אף מהתקופה הערבית הקדומה, אך מדובר, ככל הנראה בליקוט טקסטים עתיקים, מכיוון שהחכמים הנזכרים במסכת הם חכמי המשנה, בכל מקרה מדובר במישמש רעיוני. מסכת שמחות רואה במנהג זה התפתחות של מסורת פרושית, הפרושים בניגוד לצדוקים היו סבורים שאדם זכאי ייגאל ויחיה שוב, הצדוקים לא קיבלו דעה זו מכיוון שמלבד חזון יחזקאל המקרא אינו מזכיר במילה אפשרות של תחייה לאחר המוות ולכן עילית הכהנים הצדוקית אינה קיבלה דעה זו. לא ידוע אבל למה מנהג זה מופיע 100 שנה לאחר הופעת הפרושים ונעלם בהדרגה עם חורבן הבית, היהודים הרי לא הפסיקו להאמין בתחיית המתים… אז זהו שלא ידוע בדיוק.